การศึกษาลายพิมพ์ดีเอ็นเอของโลดทะนง
A study on DNA fingerprint of Trigonostemon reidioides (Kurz) Craib
ทิพเนตร เขียววิจิตร
สมุนไพร -- การวิเคราะห์
ลายพิมพ์ดีเอ็นเอของโลดทะนง
สมุนไพร -- การใช้ประโยชน์
ลายพิมพ์ดีเอ็นเอ -- พืช
การศึกษาวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อ1) พัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลชนิดไมโครแซทเทลไลต์ที่จำเพาะกับโลดทะนงแดง ที่ใช้ในการตรวจสอบความถูกต้องของสมุนไพรที่จะนำมาใช้ในการผลิตยาสมุนไพร และ 2) สร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอสำหรับระบุเอกลักษณ์ของสมุนไพรโลดทะนง โดยใช้โลดทะนงที่ใช้ในการศึกษาจำนวน 22 ตัวอย่างและคัดเลือกสังเคราะห์ไพรเมอร์ทั้งหมด 25 คู่ โดยเริ่มจากขั้นตอนสร้างคลังดีเอ็นเอของจีโนมที่มีไมโครแซทเทลไลท์ จากนั้นการวิเคราะห์หาลำดับไมโครแซทเทลไลท์และออกแบบไพรเมอร์ แล้วนำไปวิเคราะห์ทางพันธุกรรมโดยตรวจสอบลายพิมพ์ดีเอ็นเอด้วยเทคนิคอิเล็คโตรโฟริซีสแบบเจลโพลีอะคริละไมด์ จากนั้นนำข้อมูลที่ได้มาทำการวิเคราะห์กลุ่ม ด้วยวิธี UPGAM โดยใช้สัมประสิทธิ์ความคล้ายทางพันธุกรรมแบบ simple matching เพื่อเปรียบเทียบความสัมพันธ์ภายในกลุ่ม ด้วยโปรแกรมสำเร็จรูป NTSYSpc version 2.11T ผลการวิจัยพบว่า 1.ได้เครื่องหมายโมเลกุลชนิดไมโครแซทเทลไลท์ 3 เครื่องหมาย (LT_AC_100, LT_GT_065 และ LT_GT_169) ที่จำเพาะเจาะจงกับโลดทะนงแดงสามารถใช้ในการตรวจสอบความถูกต้องในการผลิตยาสมุนไพร 2. ได้เครื่องหมายโมเลกุลชนิดไมโครแซทเทลไลท์ 3 เครื่องหมายเพื่อใช้ในการสร้างลายพิมพ์ดีเอ็นเอ พบจำนวนอัลลีลทั้งหมด 58 อัลลีลโดยในแต่ละไพรเมอร์ให้อัลลีลที่แตกต่างกัน ตั้งแต่ 18-21 อัลลีล ค่า melting temperature (Tm) อยู่ระหว่าง 58-60 องศาเซลเซียส ขนาดของอัลลีล อยู่ระหว่าง 170 - 260 bp มีค่า polymorphism information contents (PICs) เฉลี่ยเท่ากับ 0.87 แสดงถึงความสามารถในการแยกความแตกต่างของตัวอย่างโลดทะนงสูง เมื่อนำมาวิเคราะห์กลุ่ม ด้วยวิธี UPGAM โดยใช้สัมประสิทธิ์ความคล้ายทางพันธุกรรมแบบ simple matching พบว่ามีค่า cophenetic correlation coefficient (r) เท่ากับ 0.794 ถือว่ามีความสัมพันธ์กันแบบทางเดียวกัน แต่จัดกลุ่มได้เหมาะสมน้อย สามารถแบ่งกลุ่มโลดทะนงได้เป็น 2 กลุ่มใหญ่อย่างชัดเจน โดยมีค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายเท่ากับ 0.66 แสดงว่าพื้นที่ที่เพาะปลูกต้นโลดทะนงที่แตกต่างกันจะทำให้มีความแตกต่างทางพันธุกรรม จากการศึกษาในครั้งนี้ถือว่าเป็นข้อมูลพื้นฐานที่สำคัญในการศึกษาลักษณะทางโมเลกุลพืชในวงศ์ Euphorbiaceae ถือว่าบรรลุวัตถุประสงค์สามารถใช้ในการตรวจสอบความถูกต้องระบุเอกลักษณ์ของสมุนไพรโลดทะนงได้ คำสำคัญ: โลดทะนงแดง ,ไมโครแซทเทลไลท์ ,ลายพิมพ์ดีเอ็นเอ
The purpose of this study were 1) to develop specific molecular microsatellite markers from Trigonostemon reidioides (Kurz) Craib to be used to verifying the accuracy of herbs that are used in the production of herbal medicines and 2) to establish DNA fingerprint to identify Trigonostemon reidioides (Kurz) Craib. Twenty-two samples of the Trigonostemon reidiodes (Kurz) Craib were used in this study. The 25 synthetic primer pairs were designed accordingly. Firstly, microsatellite DNA genome library was made. Secondly, microsatellite sequencing was analzed to designed specific primers, and lastly, DNA fingerprint analysis using polyacrylamide gel electrophoresis technique. The obtained data were analyzed by cluster analysis through UPGAM using coefficient similarity by simple matching method to compare the relationships within the group by NTSYSpc version 2.11T program. The findings revealed as follows. 1. The 3 molecular microsatellite markers (LT_AC_100, LT_GT_065 and LT_GT_169) particularly matching with Trigonostemon reidioides (Kurz) Craib which could be used in validating herb production were obtained. 2. Total of 58 alleles were found (18-21 alleles). Melting temperature (Tm) values were between 58-60 °C. The size of the allele were between 170-260 bp. The average PICs value was 0.87 (0.82 to 0.90). This indicated high polymorphic capability. Cophenetic correlation coefficient (r) value was 0.794, shown correlation coefficient and similarity coefficient were relationship the same way but the group has less appropriate. Two main groups were separated clearly, similarity coefficient value was 0.66 showed that the Trigonostemon reidioides (Kurz) Craib in different cultivated area had the genetic differences. The study was considered as an importantly basic information on the molecular histology study of plants in the Euphorbiaceae family and can be used to verifying the accuracy of Trigonostemon reidioides (Kurz) Craib. Keywords: Trigonostemon reidioides (Kurz) Craib, Microsattellite, DNA fingerprint
มหาวิทยาลัยราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา. สำนักวิทยบริการและเทคโนโลยีสารสนเทศ
ปิยรัษฎ์ ปริญญาพงษ์ เจริญทรัพย์
ลิงค์ข้อมูลในระบบ Matrix
มหาวิทยาลัยราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา
วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต